Estable publicó más de un centenar de trabajos de investigación sobre citología, histología, histopatología y fisiología del sistema nervioso del hombre y de los animales.

Investigó sobre:estructura de centros nerviosos (corteza cerebelosa, retina, vía y núcleos olfatorios).

También hizo estudios sobre histopatología de varias enfermedades, (Friedreich, siringomielia, anencefalia).

En 1927 describió el hecho de que axones de las células de Purkinje del cerebelo humano alcanzan directamente los núcleos del eje encefálico y la médula espinal.

En 1931 descubrió la presencia de una estructura especial filamentosa dentro del nucleolo que llamó "nucleolonema".

Describió un tipo especial de sinápis dendro - dendrítica.

Finalmente, un antibiótico y también con propiedades antiparasitarias, fue desarrollado por Clemente Estable y María Isabel Ardao. Se le dio el nombre de "gonideptidina" por provenir del género de los "gonidéptidos" que son un tipo de arácnido.